Három évet követően folytatódik a két évtizedes mozis ikon közös kalandja: Mechagodzilla legyőzését követően Godzilla a felszínen afféle kaiju Hellboy-ként közreműködik a planéta rendjének fenntartásában (eközben kíméletlenül aprítja az emberiség történetének évezredes emlékeit), míg Kong visszavonultan éldegél az Üreges Földben, főleg azon búslakodva, hogy egyedüli hatalmas majomként mindenhova üldözi a magány. A napi rutin nem tartható örökké, ugyanis a mélyben egy nagy dög mindig megmozdul, amire hőseinknek reagálnia kell.
